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全基因組重測序
全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)在動植物的研究中對于重要性狀特別是復(fù)雜形狀的定位有著快速、準確的優(yōu)點。基于高通量測序?qū)δ撤N農(nóng)作物或禽畜的代表性品種、地方種或野生種進行基因分型,結(jié)合準確的表型數(shù)據(jù)可對農(nóng)作物或禽畜重要復(fù)雜性性狀進行定位。特別是在包含了野生種、馴化種和改良種的群體中,結(jié)合群體進化分析對收到馴化和改良的重要基因進行定位,是研究作物或禽畜微進化及馴化改良表型的重要思路。
應(yīng)用領(lǐng)域
全基因組范圍內(nèi)多性狀的定位;目標性狀的生物學基礎(chǔ)研究。
產(chǎn)品優(yōu)勢
1、高通量檢測全基因組SNP并進行關(guān)聯(lián)分析,掃除定位盲點;
2、重重篩選SNP,多重檢驗顯著性,保證結(jié)果準確性;
3、同時對多種性狀進行定位;
4、定位精度至多可達單基因水平。
標準信息分析
1、已有參考基因組序列的動植物自然群體;
2、樣本間無明顯的亞群分化(如生殖隔離等);
3、所研究表型性狀遺傳力較強。
4、≥200個樣本;
5、基于SNP:≥5 X/個體;
6、基于CNV:≥30X/個體 10~20W Tags;
7、平均8 X/Tag;
8、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估;
9、與參考基因組比對;
10、CNV檢測及注釋 SNP檢測及注釋;
高級信息分析
1、構(gòu)建系統(tǒng)進化樹;
2、群體主成分分析;
3、連鎖不平衡分析;
4、性狀關(guān)聯(lián)分析;
5、目標性狀相關(guān)區(qū)域基因功能注釋;
6、構(gòu)建單體型圖譜。
樣品要求
1、樣品類型:基因組DNA;
2、樣品需求量:單次2 ug;
3、樣品濃度:文庫≥30 ng/μl;
4、樣品純度:OD260/280為1.8-2.0;
5、電泳要求:主帶清晰,無降解或輕度降解。(距送樣日最近的電泳結(jié)果)
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